Saludos Ester
Si lo que buscas es que los alumnos no entren a cursos que no deben con usar contraseña en todos los curso es suficiente.
Tambien puedes uzar la opcion de Mi Moodle(My moodle) y forzar a que solo muestre cursos donde este matriculado.
Cosas de Administradores
Ver solo curso matriculado
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