Hola Edwin,
Desde mi punto de vista, lo mejor es que desinstales los plugins externos de la versión 1.9+.
Ello se hace de la siguiente manera:
Administración del sitio -> Módulos -> Actividades -> Gestionar actividades -> Del lado derecho, elegir la actividad respectiva y borrarla. Si todo sale bien, eliminar la carpeta correspondiente al plugin de la plataforma (incluida en la carpeta "moodle").
El proceso para desinstalar módulos es similar, sólo hay que ir a la opción "módulos" en vez de "actividades". Información extra sobre eliminación de módulos, aquí.
Por otra parte, yo no uso un sólo plugin externo, por lo que no sé qué tanto pueda impactar el asunto, pero me parece que sí "perderás" la información.
Quizá no "físicamente", pues esta quedará en la base de datos pero no tendrás acceso a ella a través de la interfase de tu Moodle.
Sin embargo esto puede causar algunos problemas (ver aquí).
En todo caso, quizá sea bueno hacer varios ensayos en un servidor de pruebas para ver qué pasa exactamente.
Asimismo, también puedes contactar al proveedor del plugin para saber si existe una nueva versión y externarle las dudas que tengas.
Y como comentario final, creo que en tu caso es mejor que de momento no actualices. Mejor espera un poco a que haya más documentación, que los plugins se actualicen, etc.
No obstante, si optas por hacerlo, aquí está la referencia a la documentación oficial de Moodle.
No sé si la hayas consultado, pero como en tu primer post solicitas ayuda en ese sentido, por eso la incluí.
Saludos
