La verdad es que esta parte de Moodle 2.0 ni he empezado a mirarla, pero a raíz de tu mensaje he echado una ojeada.
Y hay buenas noticias
. A la hora de gestionar los ficheros (y los contenidos originados externamente a Moodle) tenemos unos cuantos plugins de repositorios externos.
Y echando una ojeada a la lista de los disponibles a día de hoy he visto que hay uno llamado "File System" (la cadena aún no está traducida).
Allí podemos configurar repositorios que usarán el sistema de ficheros local del servidor de Moodle (vamos, el disco del servidor de Moodle). Concretamente, por lo que menciona el texto de la pantalla de configuración, hay que crear un subdirectorio llamado llamado 'repository' (sin las comillas, y exactamente con el nombre en inglés). Y dentro de éste, tantos subdirectorios como "repositorios" diferentes queramos gestionar (un subdirectorio por repositorio).
Luego podemos crear instancias de esos repositorios a nivel global, a nivel de curso o a nivel de usuario (repositorios privados).
Todo lo que coloquemos en esos directorios de la forma que sea (ftp, webdav, etc.), mientras el usuario con el que se ejecuta el servicio web de Moodle pueda leerlo, estará disponible para ser usando tanto en los backups como en el resto de sitios donde se use el 'file picker' (añadir imagenes a las contribuciones en los foros, adjuntar archivos a las tareas, etc.).
Es un poquitín más largo de configurar que el sistema antiguo, pero se puede conseguir exactamente la misma funcionalidad.
Saludos.
Iñaki.