Brehiner:
Creo que el planteo es medio raro... Innodb es un motor soportado por el MySQL, en todo caso... pero la configuración del motor se da para cada base de datos, y no para el servicio en sí... Esto es decir que puedes tener distintas bases de datos en un mismo servicio (servidor), y estas cada una de ésas bases contiene un motor que puede ser distinto del otro (en el caso de MySQL, MyISAM o InnoDB, por ejemplo).
De todas maneras, si entiendo bien, tu cuestión está relacionada con la BD, y quieres cambiar el motor en tu schema. Te recomendaría postear esta cuestión en el foro del propio Wamp server => http://www.wampserver.com/phorum/list.php?2
O bien, chequea esto => http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/converting-tables-to-innodb.html
Salu2
Eder