Hola JJ,
Según lo que entiendo de la lectura de diversos posts, la leyenda que te aparece se debe a que en ciertas versiones de Moodle los "backups" incluyen campos en blanco que deben ser registrados como nulos en la base de datos.
Al respecto hay que recordar que en informática un campo en blanco es diferenete a un campo nulo (cosas de técnica).
Bien, según la información registrada en este "bug", hasta antes de la versión 1.9 era posible que los campos en blanco se trataran como campos vacíos (sin información desde el punto de vista del usuario final), o bien como ceros.
Con esta versión (osea la 1.9) ya ha sido implementada una manera de definir a los campos como "nulos".
Supongo que en las diversas etapas de desarrollo dicha funcionalidad fue incorporada poco a poco en Moodle, de tal suerte que a veces puede pasar lo que señalas.
Bien si entendí correctamente, lo que procede es abrir tu backup antes de restaurarlo, abrir el archivo "moodle.xml" con un editor de textos como el Bloc de notas de Windows (no uses un procesador de palabras como Microsoft Word), y elimina todos las leyendas que digan:
$@NULL@$
Esta solución la tomé de este post (aunque esté en inglés conviene revisarlo) y la pongo porque me parece lógica (consistente con la información del "bug").
Otra solución que también me parece pertienente se encuentra en este otro post (también en inglés) y creo que también suena bien, aunque considero que si vas a actualizar la plataforma, no es necesario llevarla a cabo.
No obstante, la dejo por cualquier cosa
De hecho ambas soluciones son muy parecidas.
Bien, no olvides hacer los cambios en una copia de tus "backups" originales.
Como la veo, éstos son muy importantes para ti y conviene irse con cuidado para no afectarlos.
Saludos