Witam.
Wystarczy stworzyć 3 katalogi:
1. public_html - do niego wrzucić wszystkie pliki moodle
2. moodledata
3. moodle - w nim należy utwotzyć dwa powyższe katalogi
Domenę trzeba przekierować na katalog moodle i do niego dodać plik htaccess:
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?domena.pl$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !/public_html/
RewriteRule ^(.*)$ /public_html/$1 [L]
I już wszystko działa.