Bueno, jo mateix he trobat la sol·lució, i ho deixo escrit per si a algú li passa...
El tema es que la funció open_basedir el que fa es que només apache pugui llegir des de httpdocs, si al nou moodle 2.0 no es permes llegir i escriure des de dintre de la carpeta publica.
En el meu cas he hagut de crear un arxiu vhosts.conf dintre del domini virtual amb la ruta de la carpeta a la qual volem que apache accedeixi.
Dintre d'aquest arxiu he posat:
<Directory HTTPD_VHOSTS_D/domain.com/httpsdocs>
php_admin_value open_basedir "HTTPD_VHOSTS_D/domain.com/httpsdocs:/tmp:/ADD_PATH"
</Directory>
Cal que cadascun de vosaltres poseu la ruta correcte.
Gracies.