Hola Carla,
a lo mejor lo que estás comentando es un fallo en el sistema de autenticación por LDAP, que debería mirar si ese login o cuenta de correo ya existe en Moodle. Creo que sería muy interesante que lo enviaras a http://moodle.org/bugs para que lo vea la persona adecuada.
Ciao
Problemas Generales
duplicación de correo electronico en BD Moodle
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