Para la primera pregunta, me temo que no hay una solución fácil, o al menos no accesible si no tienes unos mínimos conocimientos de programación, pues el módulo de certificados no incorpora de serie la opción de añadir el reverso. Tienes que modificar el código del módulo para incorporarla.
Tienes los detalles en http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=153360
La segunda pregunta tiene fácil respuesta. Moodle está hecho en PHP, un lenguaje muy popular para realizar aplicaciones web, del cual existen miles de tutoriales y guías de iniciación a lo largo y ancho de Internet.
Cosas de Desarrolladores
Certificado y programación Moodle
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