Vamos por partes:
http://itabi.infonet.com.br/museusemsergipe/salavirtual/file.php/1/file.jpg dá página de erro 404 (arquivo não encontrado): não encontra o arquivo "file.jpg".
file.php?file=%2F1%2F é o mesmo que file.php?file=/1/, que significa "algum arquivo no curso 1", ou seja, a página inicial do Moodle.
A razão do erro: falta o "?" no código do endereço http://itabi.infonet.com.br/museusemsergipe/salavirtual/file.php/1/file.jpg.
Estranhei também a barra dupla (//) no endereço, mas testei e funciona também com a barra simples, tripla, quádrupla...
Funciona: http://itabi.infonet.com.br/museusemsergipe/salavirtual/file.php?file=/1//file.jpg
Também funciona: http://itabi.infonet.com.br/museusemsergipe/salavirtual/file.php?file=/1/file.jpg
Então, file.php é responsável por buscar os arquivos na pasta do curso. Os arquivos são identificados por "?file=/nome_(número)_do_curso/outra_pasta_se_houver/nome_do_arquivo".
No que essa instalação difere das outras?
