Remigio,
Yo nunca pasé por eso. Como hace muy poco tiempo que pruebo el Moodle, la única actualización que hice fue manteniendo los datos en el database apenas de la tabla "user". El resto lo traté como una instalación nueva, que respetó los datos de la tabla existente y no grabó por encima. El error que dio cuando pasó por ella, apenas lo ignoré. Después, todo funcionó bien.
Sintetizando. Yo instalaria la nueva versión sobre el nuevo sistema apenas con el config.php y con los datos ya existiendo en el database; no actualizaria por medio del Moodle. Solo al final, copiaria el directorio de datos.
Suerte