というコメントと共に以下のコードが，admin/cron.phpの最後に書かれています．
// run any customized cronjobs, if any
// looking for functions in lib/local/cron.php
if (file_exists($CFG->dirroot.'/local/cron.php')) {
mtrace('Processing customized cron script ...', '');
include_once($CFG->dirroot.'/local/cron.php');
mtrace('done.');
}
気持ちとしては，「なにかあなたが独自に走らせたいcron処理があるならば，moodle/localフォルダにcron.phpを新規作成してそこに書くといいよ！」ということなのでしょう．一通りの処理ｆが終わった後ですので，行儀の悪いcron処理を書いても大勢に影響は無いという点で有用な機能なのですが．．．ユーザがカスタマイズ可能ということは，環境によってここに書かれている処理が異なるということ．勝手に私がcron.phpという名前でfs_moodle用の処理を書いて配布したとすると，このパッケージを展開して上書き（しない方がいいのだが）すると，元のファイルを消してしまう．．．
でも便利な仕組みではありますね．コードを読まないと気付かなかった（どこかにドキュメントがあるのかも知れませんが）．