Вопрос был как это починить не ломая до основания
Самый простой вариант - ничего не исправлять, а описать как особенность работы системы
Я думаю так: нужно перед удалением вопросов перечислить курсы+тесты использующие вопросы из данной категории и предупредить, что последствия будешь сам разгребать
Тоже самое сделать и при удалении категории вопросов.
Кстати, ссылки на вопросы в категориях вопросов получить очень легко т.е. проверить не сломалось ли что после уделения не так сложно.