Para rodar 2 moodles no mesmo server é tranquilo, faça o seguinte:
em administração do site, vá em Servidor -> Manipulação de Sessão, encontre a diretiva "Prefixo do Cookie" (sessioncookie) e coloque um nome para o dominio1 e depois em dominio2 faça a mesma coisa, mas use um nome diferente do primeiro.
Isso resolve o acesso a dois moodles distintos, rodando no mesmo servidor.