デフォルトがISO-2022-JPで，学生が変更できるようになっていれば，一番良いと思います。
でも登録時のメールは文字コードやHTML/テキストの指定ができないのですよね。
今の本家はどうなっているか確認していませんが，少なくとも以前は登録メールはHTMLメールになってしまって三重大学版ではISO-2022-JPテキストメールに直したような覚えがあります。
日本のメールは依然としてほぼすべてISO-2022-JPで，たまにUTF-8/Base64なメールがメーリングリストなどに流れると携帯だけでなくパソコン利用者からも「読めない」という苦情がたくさんあります。情報関係の有名な先生でもUTF-8/Base64なメールは読まずに捨てると言っておられる人がいるほどです（これはこれで困りますが）。