Hola Raúl,
La portada también es un curso, pero uno diferente, así que debería respaldarse también, revisé mi carpeta moodledata/carpeta_de_portada_/backupdata y de hecho yo tengo copias de seguridad automáticas, si en tu caso no las tienes puedes revisar la configuración de tus copias de seguridad automáticas.
Saludos