Dices que configuraste los grupos ¿desde los Parámetros del bloque Administración?
¿Y lo hiciste también desde los iconos, que aparecen cuando activas edición, en el extremo derecho de cada actividad?
Para que los alumnos no se vean entre ellos los debes poner separados y forzar desde los parámetros, o bien, sin grupos en los parámetros pero luego pinchar en el icono de grupos de cada actividad (el de más a la derecha) hasta que te salga con grupos separados.
¿Le has echado un vistazo a la Guía paso-a-paso de Antonio Vicent? Igual te ayuda
Cómo asignar el modo de grupos del curso
Cómo elegir los grupos de una actividad
Si ya probaste todo esto y no funcionó ¿qué versión de moodle utilizas?
Un saludo y suerte
Puri