La verdad es que no hay mucha información detallada al respecto, y a veces está desfasada, pero en lo principal, que son las tablas del núcleo de moodle, puedes usar como referencia cualquiera de estos enlaces:
http://docs.moodle.org/en/Development:Database_schema_introduction
http://docs.moodle.org/en/Development:Database_Schema
Además mucha gente lo que hace es usar programas externos para generar los diagramas de la base de datos, con sus relaciones entre las distintas tablas. Esto vienen en este hilo: http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=29563
En cualquier caso, para migrar datos de una moodle a otra, yo no movería los datos de una base de datos a otra, precisamente porque es muy engorroso saber en qué tabla va cada cosa y lo más importante, conservar la integridad y las dependencias de los datos. Yo optaría por hacer una copia del sitio, y volcarla sobre una nueva base de datos, vacía o ya creada. Eso te asegura que el proceso de llenado de la base de datos se llevará a cabo correctamente.