Thiago,
acho que com as duas dicas acima você consegue customizar o seu moodle...
como o Luan falou você edita o CSS do tema que quer usar, tornando-o mais parecido a a cara que você quer que ele tenha, como de uma empresa por exemplo...
Se você que modificar a estrutura das páginas, criando novas divs, spams, classes, ids... ai dá uma olhada no arquivo index_form.html ...