Eu evito usar o MS Word... Quando a gente mais precisa do arquivo, dá uma mão de obra danada usar em outro programa...
Em casos extremos, podes colar o texto no Notepad, antes, para descartar a formatação, e fazê-la novamente no editor HTML do Moodle. Ainda não testei colar no Wordpad, o editor rtf da Microsoft que abre arquivos do Word.
Costumo usar o NVU (html visual) e o AEdiX (editor de código). Às vezes, limpo o código no braço, mesmo, se o texto não é muito longo.
Instalei, no Firefox, uma extensão para validar o html. Assim, confiro o código até não apresentar erros ou advertências exdrúxulas, antes de liberar.
Também podes experimentar outro editor de textos WSIWYG, para ver qual coloca menos lixo. Tem vários compatíveis com o MS Word e gratuitos, com versões para Windows e Linux, como o BrOfice, o AbiWord...
Eu gosto de ter ferramentas equivalentes e redundantes à mão. Troco sempre que uma não faz o que quero. Com tanto software livre por aí, é fácil estar equipado.