Hola Lucas, siento no haber visto este post antes, pero quizá más vale tarde que nunca, ¿no? Por lo que dices, el problema es similar pero no igual. Al tocar las capacidades (yo cambié el usuario por defecto del sitio) lo que has hecho es modificar una tabla diferente, hasta donde yo sé. No estoy seguro de lo que digo, pero debería mirar la tabla mdl_role_capabilities que es la tabla donde quedan registrados qué capacidades tienen los roles. Imagino que habrás tocado algo prohibiendo o previniendo alguna capacidad del rol del usuario autentificado que afecta a los roles del administrador. Después de la pesadilla que sufrí he llegado a la conclusión que el "rol por defecto" sobre el que se basan el resto de los roles es el autentificado. Si no fuera así, no tendría sentido que tocando uno de menor capacidad se toque otro de mayor capacidad. Quizá sea éste un mal diseño porque el rol de administrador debería estar mejor protegido (que fuera independiente o que el rol por defecto del sitio fuera el administrador y el resto se construyera limitando las capacidades del rol por defecto)
De todos modos este problema se ha planteado en varias ocasiones y hay un post con un archivo que seguro que te ayuda en esto. No he leído el archivo, pero seguro que tiene que ver con el problema que planteas. Te pongo la url:
http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=151627
Un abrazo