Buenas,
Sin tener datos que lo corroboren y, basándome únicamente en el mensaje del warning, diría que tu error de actualización se debe a que no has actualizado los directorios de moodle, únicamente la BBDD, pero, la verdad, tampoco se me ocurre como hacer eso ya que la BBDD se actualiza al actualizar los directorios.
En fín, cuéntanos algo más, sobre tu proceso de actualización...
Nuevos Módulos, Apariencia y Personalización
Error con mi base de datos
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