el script que crea los usuarios dentro de Moodle cuando depende del tipo de autenticación que estés utilizando en tu servidor (email, ldap...),
En cualquier caso, para el método de autentificación por email, el insert en la tabla mdl_user se realiza en ese mismo guión, en la línea 37 más o menos.
No sé si eso es lo que necesitas, o exactamente el problema que tienes... ya contarás.
Ciao