Hola Erick; son varias cosas que debes tener en cuenta para lo que tu quieres:
1.- El curso debe ser cerrado en la configuracion del mismo, esto quiere decir que la matriculacion es por el administrador, en cada curso. osea, cuando estas administrando el curso, en asignacion de roles, a los usuarios potenciales les das el rol de estudiante y de esta manera quedan matriculados en ese curso. Se debe tener en cuenta es que los estudiantes no tengan un rol global, cerciorate de que asi sea.
2.- Para que los ususarios registrados solo vean los cursos en que estan la solucion que mejor me ha funcionado es utilizar "mi moodle" te vas a Administracion / Apariencia / matriculados, Mi moodle y lo activas. Lo que entiendo es que esta accion lleva a los usuarios registrado al teme "mi moodle"
Luego te vas a Administracion / Modulos /Bloques / Bloques Sticky y seleccionas "mi Moodle"
De esta forma cuando un estudiante entra con su clave el sistema lo lleva solo a los cursos en que ha sido matriculado y no se le visualizan los demas cursos que puedan existir en el campus.
Si lo que tienes es el Bloque de Cursos, con el enlace "Todos los cursos" y quieres quitarlo, para eso debes ir a Administración del Sitio -> Módulos -> Bloques -> Cursos y marcar "Ocultar enlace a Todos los cursos"
De esta forma, en ese bloque, sólo quedan los cursos en los que el alumno está matriculado.
Me cuentas si te sirve esta explicacion.