まだ試していませんし，詳しく調べてはいませんが，マイクロソフトのサイトからMoodleを半自動でダウンロードおよびインストールが可能になったようです．
http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=134578
Dan Marsden氏の働きのようです．
http://www.microsoft.com/web/gallery/Moodle.aspx
http://danmarsden.com/blog/2009/09/03/new-windows-installer-for-moodle/