このconfig.phpの設定のうちのパスワードに関する設定のみを別ファイルに分けて，require_once()で読み込む方法ですが，$CFG->passwordsaltmainなどのパスワードSALTに関しては有効では無いようですね．セキュリティを考慮してか，config.phpに記述してないとセキュリティレビューで警告（設定されていない）が出力されます．少しだけ気を付けた方が良さそうですね．
当方では同じmoodledata, Databaseを運用用とデバッグ用のmoodleで共有しています．この場合，それぞれのmoodleフォルダ内のconfig.phpに同じ$CFG->passwordsaltmainを設定しないといけないようです．大した手間ではありませんが．