Si no estoy muy equivocado, hay una variable de la configuración de Moodle que influye en que la ruta se construya de la primera o de la segunda forma, de las dos que tú has puesto.
La variable es "slasharguments", y puedes habilitarla o deshabilitarla desde:
Administración del sitio -> Servidor -> HTTP
Puedes probar a cambiarla, a ver si a tu instalación de Moodle "le va mejor" así
Por cierto, que la versión que tengas instalada la puedes ver en el apartado:
Administración del sitio -> Notificaciones
Saludos.
