>> Почему могут не отображаться курсы на главной странице?
По всей видимости, у вас общее число курсов в системе превышает 200.
...после того, как количество курсов в системе превысит 200 (параметр FRONTPAGECOURSELIMIT в файле course\lib.php), список курсов на главной странице превратится в список категорий. (http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=126899)
>> Если в настройках выбрать "Показать список курсов", то средняя колонка ПУСТАЯ.
Это только у админа, у простого юзверя будет отображаться список курсов, на которые он записан (с любой ролью)