Johnさんの参照しているディスカッションは，Moodle上にアップロードされている日本語を含むファイル名のファイルをInternet ExplorerでダウンロードしようとしてもクライアントＰＣ側で文字化けしてしまう問題に関する議論です．
サーバのＯＳは日本語版WindowsServerでしょうか？
その場合，Moodle上に日本語を含むフォルダの作成やファイルのアップロードは原理的に不可能です．文字によっては作成および表示ができる場合もありますが，最悪の場合は作成できても削除できなくなる場合もあります（サーバ上で削除可能です）．
もし，日本語版WindowsServer（XP含む）ＯＳ上でMoodleを運用するのであれば，私の作成したfs_moodleを利用する必要があります．現在使用しているmoodleフォルダをダウンロードしたzip書庫に含まれるmoodleフォルダで置き換え，設定済みのconfig.phpをコピーすればＯＫです．ただし，fs_moodleはオリジナルのMoodleにかなり広範な改良（基本的に上位互換）を行っています．デフォルトでfsconfig.phpという設定ファイルがシステムに合わせて生成されますので，それをさらにチューンアップすることで有効になる機能もあります．
詳しくは，以下のURLをご参照下さい．
http://www.suzuka-ct.ac.jp/mech/moodle/course/view.php?id=30
http://www.suzuka-ct.ac.jp/mech/moodle/mod/resource/view.php?id=331&subdir=/%E6%9C%80%E6%96%B0%E7%89%88/Moodle1.9
http://www.suzuka-ct.ac.jp/mech/moodle/mod/wiki/view.php?id=320