現行バージョンである LAMS ver.2 をセットアップされたのでしたら， http://wiki.lamsfoundation.org/display/lamsdocsja/Moodle によれば，
If you try using the LAMS Course Format, you will probably see an error message "All the LAMS module settings have not been set up!". The LAMS Course format is not supported by the LAMSv2 module - it was only used in the original LAMS Moodle module.
ということなのですが，その点は大丈夫でしょうか。