経験的に言いますと，moddata/assignmentのデータをサーバ側で手作業で削除してもあまり問題はありません．ただ単にファイルが無いだけであってMoodleはエラーを発しません．Kawanoさんの開発した”課題の一括ダウンロード”を使う際に，データベースにはファイルをアップロードした記録があるのに実体が無い，とエラーを発生するかも知れません（fs_moodle版では，エラーを出さないようにしました）．
でも，ファイルを消しても提出した記録を消すことにはなりませんので，当初の希望通りにはなりませんね．
データベースとの不整合が起きても致命的なエラーを発しない現在のインプリメントは私の好みに近いです．いい加減だといえばそうなのですが，動かないというのも困りますに，学生は提出したのに私が間違えてファイルを消してしまったとして「提出した記録がないぞ！」と責めてしまってもかわいそうです．提出したはずなのに何故かファイルがない，くらいが折衷案として無難なのではないでしょうか．（ファイルが消えるのはMoodle側のバグやサーバの不具合かも知れませんので）．