Следует заметить что запуск отладки осуществляется не так, как многие привыкли в Delphi, VS и т.п.
Отладка начинается с запуска отладочной сессии (Ctrl+F5). Пока сессия работает можно как отлаживать, так и просто открывать страницы (включаем/выключаем с помощью расширения "Xdebug Helper").
В связи с этим можно подшаманить в настройках проекта для более быстрого запуска сессии. Вообще NetBeans без разницы какой файл запускать для старта сессии, поэтому чтобы при запуске сессии он не дебагил полсистемы я сделал фейковый файл. Теперь сессия стартует очень быстро.
Содержимое файла до безобразия простое:
echo "Debuging started!";
Насторойки проекта:
(в категории Debug включаем отладку PHP)
