La notifica nasce da come e dove hai installato Moodle e dipende dal setup del server. Per la sicurezza dei dati che inserirai nella moodeldata, questo folder dovrebbe stare fuori dallo spazio web. Inoltre, sempre per motivi di sicurezza i tuoi seting PHP andrebbero modificati in accordo a quanto segnalato. La documentazione di Moodle ti fornisce maggiori dettagli.