Paz y Bien.
José:
Se me ocurren dos cosas:
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Entrar a la consola de comandos y revisar las tablas de la base de datos, si una tabla no aparece comnpleta, la seleccionas y, en la parte de abajo, le indicas reparar selección.
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Seleccionar las tablas que tienen archivoa que depurar y dar clic en optimizar tablas.
Di cómo te fue.
Saludos.
José de Jesús.