При обовлении между версиями не в рамках одной ветки (например, с 1.8 на 1.9) не рекомендуется копировать новую версию с заменой старой. Лучше старую удалить/переименовать/забэкапить и новую скопировать без всяких замен.
А вообще: http://docs.moodle.org/en/Upgrade