Hola Jhon:
Inicialmente comentarte que emitir videos, desde el mismo servidor donde corre Moodle (aunque no se las especificaciones de tu sistema) no es buena idea.
Por otro lado, un archivo en formato .flv, efectivamente es video en flash pero te falta otro: el reproductor que normalmente está en formato .swf. O sea que para reproducir este tipo de videos lo recomendable es: Un servidor streaming, los archivos .flv con el video y el reproductor que se realiza en .swf. Asi, si te funcionara.
El .flv por si solo no es reroducible desde la red...en tu equipo es posible y mas si tienes instalado macromedia flash 8 profesional.
Hay software que te realizan automaticamente este trabajo, pero cabe especial atención folwplayer (como ya tienes los .flv) que bajo licencia GPL y usando un servidor apache, puede servir video sin complicadas configuraciones y de una forma muy fluida.
La pagina esta en Ingles, pero si la traduces con el traductor de Google te enteras de casi todo.
Hay queda la referencia: http://flowplayer.org/index.html
Espero que te sirva.
P.D.- Te vuelvo a recordar que servir video requiere de un buen servidor, un buen ancho de banda, que no tengas muchas conexiones concurrrentes demandando video e inclusive de una codificación correcta de los mismos, sobre todo en la relación calidad-transferencia de datos (bitrate). Si esto no es asi, te recomiendo Google video. Hay hilos abiertos de como usarlo de forma privada.
¡Ah! y el formato wmv, sinceramente no es el mas adecuado. Requiere sin duda un servidor (para videos medianamente extensos) y no es usable en un 100% como flash, ya que un usuario de Linux, no podria instalar (de forma nativa) el control ActiveX para visualizar el recurso de tu curso....ademas, "son muy pesados" comparados con flash.