Hola John,
Este asunto de Unicode tiene que ver con la base de datos.
Es un estándar internacional que te permite codificar la información de forma que puedas utilizar caracteres "especiales" como los acentos.
Es decir, puedes colocar textos en prácticamente cualquier idioma del mundo y éstos deberán registrarse en la base de datos sin mayores problemas (esto, antes de la existencia de dicho estándar no era tan "simple").
Para crear las bases de datos en Unicode hay varios "caminos".
El primero y más sencillo es usar una interfase Web que tenga acceso a la base de datos y pueda utilizarse para crearla.
La interfase más conocida es PhpMyAdmin, que viene incluida en herramientas como Xampp.
Dado que indicas que ya tienes instalado Apache-MySQL-PHP, entonces un primer camino sería que descargaras e instalaras PhpMyAdmin de aquí.
El proceso de instalación está descrito aquí.
En lo personal, y si estoy trabajando en mi PC, prefiero la instalación "manual".
Por otro lado, como ya tienes instalado MySQL, puedes optar por crear la base de datos vía la línea de comandos del sistema operativo de tu equipo.
Esto no es muy difícil, y está descrito aquí.
Aquí me surge una duda.
Según entiendo, la versión de Moodle 1.9.4+ ya genera automáticamente la base de datos.
Por ello, no deberías tener problema con la codificación de la base de datos.
Pero bueno, si sigues este procedimiento, seguro tienes la base como se requiere.
Saludos
