Hola Marta:
La respuesta llega un poco tarde, pero para no dejar abierto el hilo, me explico:
Hay que meterse al código del archivo HTML y verificar entre los javascript que aparecen ahi aquellos que se crean automáticamente con eXe.
En mi caso, yo tengo un archivo de funciones SCORM que he desarrollado con el paso del tiempo y que he ido afinando para guardar elementos que me interesan, por lo que borro los scripts que genera eXe y que llaman a los archivos scofunctions.js y apiwraper.js y sustituyo esas llamadas por la ruta de mis archivos (todo en el código).
Guardo y acomodo el nuevo paquete SCORM usando el reload editor.
Saludos