Para apagar materiais arquivados no site acesse a seção "arquivos" no painel de administração, selecione o documento e escolha a opção cancelar completamente.
Moodle não tem CVS, para identificar a versão de um mesmo arquivo pode ser útil definir uma convenção para a nomenclatura baseada em datas e autores ou usar diretórios diverso.
Paula de Waal