辰己先生がMoodle 1.5→1.9の詳細な移行記録を書いてくださいました：
http://ttmtko.air-nifty.com/a/2009/01/moodle-15euc-jp.html
http://ttmtko.air-nifty.com/a/2009/01/moodle-15euc--1.html
どうやら三重大版Moodle 1.9はPostgreSQLと仲が悪いようです。うちではPostgreSQLを使っておらず，気がつきませんでした。PostgreSQL部分はいじっていないのですが他の部分との不整合があるようです。
私も詳細を理解していませんが，とりあえず。