Hola, Jesús:
Deja ver si te entiendo bien.
Las copias de seguridad sirven para subsanar problemas dentro del sistema moodle; pero el hacer el respaldo completo es para poder restaurar todo el sistema en caso de alguna catástrofe. Si respaldo todo el sitio una sola vez y no añado themes, módulos o plugins, basta con respaldar luego la base de datos con mysql y la carpeta de moodledata. Con estos elementos, puedo restaurar todo el sistema en caso de una catástrofe total. ¿Es así? ¿Con la base de datos y con moodledata se respalda todo: cursos, actividades, recursos, foros, cuestionarios, calificaciones, etc? Si es así, se alivianaría mucho el trabajo de respaldo.