なぜ最初のチェックがうまく動いたのか良く分からないのですが．．．取り合えずいまは以下の修正でなんとか動いています．
問題は，ewiki_database()の"OVERWRITE"です．コマンドとしてOVERWRITEを送ると，内部（MySQLの場合）はコマンドを"REPLACE"に置き換えます．ちなみにWRITEの場合は"INSERT"です．ところがswitch文に意図的かどうか分からないのですが細工がしてあり，case "OVERWRITE"でコマンドを"REPLACE"に置き換えた後に何もしないでbreakする．breakを外して直後のcase "WRITE"に突入させるとコマンドは"INSERT"に置き換えられてしまうので，もし既にコマンドが設定されていない場合のみ"INSERT"に置き換えるように設定する．これでコマンドは"REPLACE"で，その他の情報は"INSERT"と同様にセットアップ（シリアライズなど）されるのですが，その先でFatal errorが発生します．case "WRITE"の場合のコード中に「コマンドが"REPLACE"であったら古いテーブルをまず削除せよ」というコードが存在します．当初はcase "OVERWRITE"でcase "WRITE"に突入するように作成されていたと思われる根拠です．でもそのコード中のdelete_record()が存在しないのでFatal error...存在するのはdelete_records()です！ バグですね．まぁ，case "OVERWRITE"（つまりコマンドがREPLACEの場合）は直ぐにbreakするようにコードが書かれているので，このdelete_record()を呼ばれることは無いのですが...
何らかの意図でewiki_database("OVERWRITE",*)は封印されている雰囲気ですので，これを使うのは諦めます．その代わり，ewiki_database("DELETE",*)で現在の画像ファイルのテーブルを削除し，新規にewiki_database(WRITE",*)で登録し直すことにしました．多分，DELETEはメンテナンスされているでしょう（未確認）．
#-- write if not exist
$exists = ewiki_database("FIND", array($id));
if (! $exists[$id] ) {
$result = ewiki_database("WRITE", $data);
ewiki_log("saving of '$id': " . ($result ? "ok" : "error"));
}
else {
// (Shirai101): ここから追加
$result = ewiki_database("DELETE", $data);
$result = ewiki_database("WRITE", $data);
// (Shirai101): ここまで追加
ewiki_log("binary_save_image: '$id' was already in the database", 2);
}
ewiki_database("DELETE",*)の戻り値はarray()のnulですので，成功したのか失敗したのか...ewiki_database("WRITE",*)はtrueを返します．
バイナリの画像ファイルをアップロードすると，ページのバージョンは１で決め打ちのはずが，なぜかバージョン２が存在することがありました．今回はこれが原因で動作確認が遅れました．そういえばデバッグ中にファイル名の取り扱いにミスがあり，画像ファイルのmimeタイプが正しく認識されないことがありました．その際にアップロードした画像ファイルは単なるバイナリファイルと認識されて，それでバージョンが２に上がってしまったのかも知れません．いくら新しい画像ファイルをアップロードしても（それはバージョン１として記録されるため）過去にアップロードしたバージョン２の情報が利用されてしまい，表示が全く更新されませんでした．キャッシュやなにやら色々とチェックして時間を浪費しました（少し仕組みには詳しくなりましたが．．．）．