/* timerbox.style.left = document.body.scrollWidth - 160 + 'px';*/
timerbox.style.left = document.body.clientWidth - 160 + 'px';
このようにしたら、IE6でも右上にきちんと表示されました。
参考にしたURLは
[ブラウザのスクロールバーで隠れている領域を含むサイズを取得する方法。]http://d.hatena.ne.jp/onozaty/20060803/p1
を見ていたのですが、ちょっと違っていたので
[ブラウザの表示領域のサイズを取得する方法。]http://d.hatena.ne.jp/onozaty/20060802/p1
こちらをさんこうにするとうまくいきました。