Solucionado.
El problema era que no había creado un campo "course" para la tabla que moodle asocia a mi módulo, en el fichero db/install.xml
Sin este campo moodle no contaba el número de instancias creadas de mi módulo, porque realiza el cálculo con el siguiente comando:
$count = count_records_select("$module->name",'course<>0');
(directoriomoodle/admin/modules.php)
Cosas de Desarrolladores
Las instancias de mi modulo no se contabilizan en Admininstración > Modulos > Actividades
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