Bonjour,
Pour clarifier, Moodle n'est pas un gestionnaire de contenu, mais un environnement d'apprentissage. Toutefois, cette remarque n'a pas d'influence sur notre propos, puisque, comme un CMS, Moodle ne génère pas de gabarit (qui s'appellent des thèmes dans la terminologie de Moodle), mais utilise des gabarits standards inclus dans Moodle ou composés par les personnes ou institutions qui veulent une charte graphique propre (c'est la même chose pour Typo3 et SPIP, ou encore MODx, WordPress, etc.).
En tout état de cause, la documentation sur les thèmes de Moodle se trouve ici en français et ici en anglais (plus complète dans ce dernier cas).