table の prefixを変えるのも一つの方法ですが,
MySQLに保存されたMoodleのデータを直接バックアップしたり,
操作したりする可能性があるならば,
別のDB名を使って運用するのが便利かもしれません。
# そのとき,dbuser, dbpass は変えてもいいし,変えなくてもいいです。
つまり,一つめの Moodle の config.php が
$CFG->dbname = 'moodle'; // database name, eg moodle
$CFG->dbuser = 'moodle'; // your database username
$CFG->dbpass = 'elw3jkekf'; // your database password
$CFG->prefix = 'mdl_'; // Prefix to use for all table namesならば,二つめの Moodle の config.php は
$CFG->dbname = 'moodle2'; // database name, eg moodle
$CFG->dbuser = 'moodle2'; // your database username
$CFG->dbpass = 'lwelk43qu'; // your database password
$CFG->prefix = 'mdl_'; // Prefix to use for all table names
のようにする,ということです。(赤は変える。青は変えなくてもよい。)
また,もう一つの忘れがちな点は,sessioncookie です。
# 同じ値にしてしまうと確か,片方にログインするともう片方にも入れてしまう,等の問題が生じたような気が...
これは,インストール後,「詳細設定」の画面で変更できますが,同様に config.php に
$CFG->sessioncookie = 'moodle2';
のように書いておくと忘れずにすむので,いいかなと思います。
# Moodle の RPM パッケージにも含めてある拙作の
# http://t-kita.net/rpm/moodle/scripts/ の mk-another-copy.sh を
# 使うと,2つめのMoodleを半自動的にセットアップしてくれますが,シェルスクリプトなので,
# 残念ながら,サーバOSがWindowsである場合は使えないです。