極めて重要なことです．
Moodleを1.9から2.*へアップグレードする時は必ずサイト管理ブロックの【サーバ】－【デバッグ】中の”デバッグメッセージ”を”NONE”に設定してから行って下さい．”デバッグメッセージを表示する”のチェックを外しただけでも良いのではないかと思って試してみましたが，こちらでも症状は同じです．
この設定がNORMALなど，Notice発生時にエラーメッセージをWeb出力する設定になっていると，アップグレード処理の最終工程である，新しく追加された設定のセッティング画面が表示されません．正確に言うと，添付ファイルの画像のような”コーディングエラーが検出されました”の画面が表示されます．この画面で「続ける」を押すと，本来ならば表示されるはずのパラメータのセッティング画面はスキップされ，フロントページに移行してしまいます．つまり重要なアップグレードの処理が未完のまま，Moodleが中途半端に動作可能となってしまいます．もし皆さんの中に，Moodle2へのアップグレードが完了した（はず）なのに妙に$CFG->???が未設定だという警告が沢山表示されるなぁと思っている方は，試しにmoodle/admin/index.phpをアクセスして見て下さい．新しく追加されたパラメータの設定が未完の場合，いつでも処理を再開できます．
＃諸々の問題の根源はここにあった．思い返してみれば，このパラメータの設定画面，全然，表示されなくなって久しい．
