ZIP書庫がきちんと作成されているとのことで，とても安心しました．ありがとうございます．
SSL+IEの件は，やはり気になりますね．
ちなみに，lib/filelib.phpのfunction send_file()やsend_temp_file()では，
} else { // Do not cache files in proxies and browsers
if (strpos($CFG->wwwroot, 'https://') === 0) { //https sites - watch out for IE! KB812935 and KB316431
@header('Cache-Control: max-age=10');
@header('Expires: '. gmdate('D, d M Y H:i:s', 0) .' GMT');
@header('Pragma: ');
} else { //normal http - prevent caching at all cost
@header('Cache-Control: private, must-revalidate, pre-check=0, post-check=0, max-age=0');
@header('Expires: '. gmdate('D, d M Y H:i:s', 0) .' GMT');
@header('Pragma: no-cache');
}
@header('Accept-Ranges: none'); // Do not allow byteserving when caching disabled
}
このようなヘッダーの記述が利用されているような感じが見受けられます．もしかしたら，このコードを移植すればうまく動作する可能性があります．
ヘッダーの詳細がよく分かっていない上に，自分のサイトをSSL化する方法が分からないので，Tanikawaさんに人柱になって頂くことしかできないのですが...もし可能でしたら，以下のコードを試して頂けませんか？ function download_single_submisions()とfunction download_all_submissions()の最後のところです．
// header("Cache-Control: none");
// ここから追加
if (strpos($CFG->wwwroot, 'https://') === 0) { //https sites - watch out for IE! KB812935 and KB316431
@header('Cache-Control: max-age=10');
@header('Expires: '. gmdate('D, d M Y H:i:s', 0) .' GMT');
@header('Pragma: ');
} else { //normal http - prevent caching at all cost
@header('Cache-Control: private, must-revalidate, pre-check=0, post-check=0, max-age=0');
@header('Expires: '. gmdate('D, d M Y H:i:s', 0) .' GMT');
@header('Pragma: no-cache');
}
@header('Accept-Ranges: none'); // Do not allow byteserving when caching disabled
// ここまで追加
header('Content-Disposition: attachment; filename="'.convert_download_filename_encoding($zipname).'"');
header("Content-Length: ".fs_filesize($zippath));
header("Content-Type: application/octet-stream");
fs_readfile($zippath);
もしこれでＩＥでもダウンロードできるようになるのであればヘッダーの処理の違いに問題がある，ということになります．
そして更にもう一度，お手間を掛けることになると思いますが，このZIP書庫作成後にファイル送信する処理のコードですが，もしかしたらlib/filelib.php中のfunction send_temp_file()で代用できるかも知れません．これは時間が取れたら試して見ます．send_temp_file()も上記赤いコードが使われていますので，同じ効果が得られる可能性があります．さらにIE向けのハックが含まれているようですので，より確実性が上がる可能性もあります．まずは（非SSL環境で）解析と実験をして見ます．
